Expozice archeologie návštěvníky seznámí s nejstaršími památkami Mnichovohradišťska. Většina vystavených pravěkých nálezů byla pro muzeum zpracována univerzitním profesorem akademikem Janem Filipem, rodákem z nedalekých Chocnějovic.
V expozici jsou vystaveny artefakty nalezené většinou v žárových hrobech tzv. lidu popelnicových polí z doby bronzové. Děti obvykle zaujmou zvířecí kosti pravěkých zvířat, např. mamutí stoličky, lebka jeskynního medvěda či nosorožce. Středověké období zastupují fragmenty gotického chrámu z nedalekého Kláštera Hradiště nad Jizerou, které umožňují vytvořit si představu o velkoleposti dřívější dominanty tohoto kraje. Právě zdejší cisterciáčtí mniši stáli u počátků města Mnichova Hradiště.
